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纳米颗粒形状也会影响其被细胞摄入的能力。用纳米金包裹的蛋白进行的研究表明，球形纳米颗粒比棒状的纳米颗粒更有效地被细胞吸收[58]。对球形和椭圆形的PLGA纳米粒子进行的比较研究表明，椭圆形粒子被细胞内吞作用的速度更慢 [59]。
纳米粒子的表面电荷对于细胞吸收也很重要，因为表面电荷会决定纳米粒子是否会在血液中聚集，与带相反电荷的细胞粘附或相互作用。纳米粒子的表面电荷可能会影响与细胞的相互作用和吸收，而中性电荷可以防止与细胞间不必要的相互作用[30]。值得注意的是，与中性或负电荷纳米粒子比较而言，正电荷对细胞的吸收速度具有促进作用[60]。
纳米粒子的组份也会影响其生物利用度。壳聚糖（Chitosani is a polysaccharide obtained from deacetylation of chitin found in exoskeleton of shellfish）是从贝类的外骨骼发现的一种脱乙酰化甲壳素多糖，是一种可生物降解的聚合物，在基因传递系统中具有潜在的应用价值。用壳聚糖-DNA纳米颗粒与细胞的相互作用研究表明这种可生物降解的纳米颗粒在体内能很快被清除掉[61]。基于聚乙二醇（PEG）的非生物降解颗粒修饰的金纳米棒能够在体内聚集并延长其作用时间[62]。为了延长纳米颗粒在体内的持久性，可以在纳米颗粒的表面加入亲水性聚合物（如PEG）进行修饰。有报道，通过这种方法，可以提高纳米颗粒的长期的全身生物利用度。在纳米粒子表面加上PEG能够延长其在血液中的持续时间[63]。在纳米粒子表面加入PEG还能减少纳米粒子与消化酶的相互作用[64]。研究表明，PEG不仅可增加纳米粒子的生物利用度，还可加强对免疫细胞对纳米粒子的摄入。